SMP Nusantara pendidikan formal setingkat SMP yang dikelola oleh Yayasan Badan Wakaf Masjid dan Madrasah (YBWMM) Gondang Wonopringgo Pekalongan atau lebih dikenal dengan nama Yayasan Gondang. SMP Nusantara berdiri pada tanggal 1 April 2009 dengan penggagas H.A. Nadjib Syamsudin, BA.
Secara Operasional, SMP Nusantara resmi mulai mengadakan kegiatan belajar mengajar pada tanggal 13 Juli 2009 dengan jumlah siswa angkatan pertama sebanyak 40 anak, 10 orang tenaga pengajar dan seorang tenaga administrasi. Adapun kepemimpinannya dilakukan secara direktorium yang terdiri dari H.A. Nadjib Syamsudin, BA, Drs.H. Nabhan Syamsudin, Zarkasi Busyari, dan H. Agus Sulchan. Keberadaan SMP Nusantara Gondang harus sejalan dengan Masjid Gondang, dimana masing-masing merupakan institusi satu Yayasan.
Menyikapi aturan pendidikan yang digariskan oleh pemerintah, Yayasan mendaftarkan legalisasi SMP Nusantara Gondang dengan Surat Keputusan tertanggal 12 September 2009 / No. 421.5/2314.A/ Tahun 2009. Sejalan dengan berbagai kemajuan yang ada SMP Nusantara telah berkembang ke arah yang lebih baik.